Il palazzo, simbolo di Aragona e ispirato all’architettura del Cinquecento, assunse l’aspetto di residenza aristocratica e convento intorno al 1703, quando il principe Baldassare Naselli IV prese i voti. Nel Settecento raggiunse il massimo splendore grazie a Baldassare Naselli Branciforte, che lo arricchì con arredi, una quadreria e affreschi del pittore Borremans. Nel 1875 il principe Luigi Burgio Naselli apportò alcune modifiche e sostenne opere benefiche, tra cui le suore delle Figlie della Carità di San Vincenzo de’ Paoli. Nel 1887 fondò un orfanotrofio femminile affidato a questo ordine. Oggi il palazzo ospita la Fondazione Istituto Principe d’Aragona.